Zespół Szkół Specjalnych nr 6 w Krakowie mieści się w budynku przy ul. Ptaszyckiego 9, w którym od 9 listopada 1930 roku funkcjonowała Szkoła Podstawowa nr 37. Uwiecznia to wmurowana przy wejściu głównym pamiątkowa tablica. W latach 1971-1977 obiekt ten użytkowała szkoła zawodowa specjalna. Po reorganizacji szkół we wrześniu 1977 roku, została ona połączona ze Szkołą Podstawową Specjalną nr 71, obejmującą edukacją dzieci i młodzież z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu lekkim. Natomiast działające przy Szkole Podstawowej Specjalnej nr 71 klasy dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym, zostały przeniesione do budynku na os. Mogiła (obecnie ul. Ptaszyckiego 9).
W roku szkolnym 1977/78 rozpoczęła działalność Szkoła Podstawowa Specjalna nr 79. Uroczyste otwarcie placówki nastąpiło 13 maja 1978 roku. Z okazji nadania imienia szkole w dniu 12 października 1979 roku, wmurowano ufundowaną przez Akademię Sztuk Pięknych w Krakowie tablicę z popiersiem patronki – prof. dr Józefy Joteyko – prekursorki pedagogiki specjalnej.
Pierwszym dyrektorem szkoły została mgr Kazimiera Słowik, która pełniła tę funkcję do 1982 roku. W latach 1982-2002 placówką kierowała mgr Grażyna Bielecka, a w latach 2002 – 2012 mgr Lila Dziuba. W 2012 roku funkcję dyrektora objął mgr Marek Roszczynialski.
We wrześniu 1988 roku na terenie szkoły powstała klasa dla dzieci z autyzmem, a w 1992 roku utworzono kolejne trzy oddziały dla tych uczniów. Weszły one w skład utworzonej Filii nr 1 mieszczącej się przy ul. Bałuckiego, która ostatecznie została przeniesiona do budynku przy ul. Szopkarzy.
W 1998 roku w oparciu o Rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej, szkoła objęła edukacją dzieci z głęboką wieloraką niepełnosprawnością, organizując zespołowe zajęcia rewalidacyjno-wychowawcze oraz zajęcia indywidualne w domach uczniów.
W 1999 roku w związku z wprowadzoną reformą oświaty, szkołę podstawową przekształcono w Zespół Szkół Specjalnych nr 6, w skład którego weszła sześcioletnia Szkoła Podstawowa Specjalna nr 79 i trzyletnie Gimnazjum Specjalne nr 56. Wychodząc naprzeciw potrzebom edukacyjnym uczniów kończących gimnazjum oraz oczekiwaniom rodziców powołana została Szkoła Specjalna Przysposabiająca do Pracy nr 7.
W roku szkolnym 2007/2008 podczas obchodów 30-lecia istnienia szkoły, Uchwałą Rady Miasta Krakowa, Szkole Przysposabiającej do Pracy nr 7 oraz wygaszonemu już Gimnazjum nr 56 nadano imię Józefy Joteyko. Od maja 2008 roku szkoła zyskała również sztandar, przekazany społeczności uczniowskiej w trakcie Uroczystości Jubileuszowej w Teatrze Ludowym w Krakowie.
Od maja 2014 roku w szkole został powołany Zespół Wczesnego Wspomagania Rozwoju Dziecka, który aktualnie zapewnia wielospecjalistyczną terapię dla 13 dzieci zmagających się z różnymi zaburzeniami rozwojowymi. Obejmujemy specjalistycznymi zajęciami dzieci od 2 roku życia do czasu podjęcia przez dziecko nauki w szkole podstawowej.
Zespół Szkół Specjalnych nr 6 w Krakowie w roku szkolnym 2017/2018 obchodził Jubileusz 40-lecia swojej działalności. Patronat nad uroczystością objął osobiście i zaszczycił swoją obecnością Prezydent Miasta Krakowa Jacek Majchrowski. Główne obchody odbyły się w maju w Ośrodku Kultury im. C. K. Norwida w Sali ARTzona.
W dniu 2 września 2019 roku odbyła się w Zespole Szkół Specjalnych nr 6 uroczysta inauguracja roku szkolnego 2019/2020. Na oficjalnym otwarciu nowego budynku obecny był Prezydent Miasta Krakowa Jacek Majchrowski oraz władze miasta. Zakończyła się trwająca od 2015 roku rozbudowa budynku szkoły. Oddane zostało do użytku nowe, dwukondygnacyjne skrzydło, w którym mieszczą się nowoczesne sale do rehabilitacji i terapii. Są tam m.in. sala do integracji sensorycznej, sala doświadczania świata, sala rehabilitacyjna, siłownia, sala do hydroterapii oraz nowoczesne gabinety: psychologiczny, logopedyczny oraz do rewalidacji. W zespole kompleksowo zmodernizowano też salę gimnastyczną. Budynek został ocieplony, zyskał również piękną elewację i nowe ogrodzenie. Zrewitalizowany został teren zielony i powstały dwa nowe boiska, w tym jedyne w Krakowie zewnętrzne boisko do gry w bocce. Obiekt poświęcił Opat Mogilski o. dr Piotr Chojnacki.
W roku szkolnym 2020/2021 szkoła obejmowała edukacją, terapią, wychowaniem oraz opieką psychologiczno-pedagogiczną 69 dzieci i młodzieży w wieku od 8 do 25 lat, w roku szkolnym 2021/2022 obejmowała opieką 83 uczniów. W roku szkolnym 2024/2025 obejmuje nauką oraz terapią 96 uczniów, w tym 3 uczniów z Ukrainy.
Przez lata działalności szkoła współpracowała z Domami Pomocy Społecznej na os. Hutniczym, przy ul. Łanowej obejmując edukacją mieszkających tam podopiecznych. Szkoła prawie przez 40 lat realizowała zajęcia edukacyjno – terapeutyczne oraz zespołowe zajęcia rewalidacyjno- wychowawcze na terenie Domu Pomocy Społecznej w Prusach, prowadzonego przez Siostry Zgromadzenia Córek Bożej Miłości.
Na przestrzeni czterech ostatnich dekad staraniem grona pedagogicznego szkoła systematycznie zwiększała ofertę w zakresie edukacji, form terapii, zajęć rozwijających zainteresowania oraz integracji ze środowiskiem lokalnym. Korzystamy nie tylko z dorobku nauki i sprawdzonych w świecie praktyk pedagogicznych, ale sami kreujemy nowatorskie formy terapeutyczne. Zapraszamy do zapoznania się z aktywnościami i metodami pracy naszego zespołu w zakładce „Jak pracujemy”.